Não sei se está lá faz tempo, mas só hoje percebi a opção de sincronização seletiva no Dropbox. E achei ótimo, porque estava justamente sincronizando arquivos no laptop que, por ser mais antigo, tem pouco espaço disponível em disco.
Para escolher quais pastas/arquivos quer sincronizar em cada computador, clique no ícone do Dropbox na barra de status. No menu, selecione Preferences.
Depois, na janela de preferências, clique em Selective Sync.
Pronto, agora é só selecionar as pastas ou arquivos que serão sincronizados. O que for desmarcado será apagado da pasta do Dropbox nesse computador específico, mas será sincronizado normalmente nas outras máquinas.